A história do Centro de Bacteriologia se confunde com a história do próprio Instituto Adolfo Lutz. Frente às necessidades impostas pelos agravos que se proliferavam no estado de São Paulo na segunda metade do século XIX, e com o desenvolvimento da medicina experimental, em 1892 foi fundado o Instituto Bacteriológico, seguindo o modelo do Instituto Pasteur de Paris de laboratório de saúde pública.

Naquele momento, duas vertentes eram identificáveis: a primeira voltada à pesquisa microbiológica, ao desenvolvimento de técnicas e métodos, e à formação e aprimoramento de recursos humanos neste campo; a segunda, focada na produção de imunobiológicos com aplicação profilática, terapêutica e diagnóstica.

Os serviços prestados pelo Instituto Bacteriológico mantinham-se estritamente afinados aos objetivos de saúde coletiva, particularmente ao modelo sanitário desenvolvido por Emílio Ribas no estado de São Paulo. Nesta época (1893-1908), o Instituto Bacteriológico foi dirigido pelo próprio Adolpho Lutz, que exercia as atividades laboratoriais e ainda as “missões científicas”, que consistiam de trabalhos de campo exploratórios para elucidação da epidemiologia de doenças emergentes ou crônicas, como febre amarela, cólera, peste e das “febres paulistas”.

Em 1925, o Instituto Bacteriológico é fechado e transformado em uma seção incorporada ao Instituto Butantan. Manteve-se neste status até 1931, quando foi reativado. Por quase uma década, ocorreu o processo de reorganização do Instituto Bacteriológico às novas políticas de saúde do estado de São Paulo. Em 1940, com a fusão do Instituto Bacteriológico ao Instituto de Análises Clínicas, foi fundado o Instituto Adolfo Lutz, que, em 1943, incorporou os laboratórios existentes no interior do estado, hoje denominados de Centros de Laboratórios Regionais.

Este modelo, adotado até hoje pelo Instituto Adolfo Lutz, é caracterizado pelos diferentes níveis de complexidade exercidos pelos laboratórios, com objetivo ultimato de resolução de problemas prioritários em saúde pública.

O Centro de Bacteriologia se adequa a esta organização do Instituto Adolfo Lutz por coordenar, no Laboratório Central, no município de São Paulo, as atividades desenvolvidas nos Centros de Laboratórios Regionais distribuídos em 12 cidades estratégicas do estado, do ponto de vista da vigilância em saúde.

Como marcos históricos, destacam-se as participações decisivas do Centro de Bacteriologia frente a epidemias que atingiram diferentes regiões do estado de São Paulo e outros estados da Federação.

Como por exemplo, a atuação do Centro de Bacteriologia no diagnóstico laboratorial da Febre Purpúrica Brasileira (FPB), doença infecciosa que foi reconhecida pela primeira vez no Brasil em 1984, corroborando com as tomadas de decisão para as medidas de prevenção e controle da doença.

Foi em São Paulo que tiveram início três grandes epidemias de doença meningocócica, sendo a primeira epidemia da doença identificada no período de 1945 a 1952, causada pelo meningococo sorogrupo A; uma  epidemia que teve início em 1971 causado pelo meningococo sorogrupo C que foi sobreposto a partir de 1974 por nova onda epidêmica causada pelo sorogrupo A. Coube ao Centro de Bacteriologia a responsabilidade de esclarecer o diagnóstico etiológico da doença nesses três importantes momentos na história da Saúde Pública do estado de São Paulo.

Importante participação do Centro de Bacteriologia se deu em 1992 quando esforços conjuntos com o Ministério da Saúde foram feitos para o controle da entrada da cólera no Brasil na cidade de Tabatinga (AM), localizada na fronteira com Colômbia e Peru. Com a colaboração de pesquisadores do Centro de Bacteriologia, foi montado na cidade um laboratório para isolamento e identificação do Vibrio cholerae que foi de primordial importância para o controle e conhecimento da epidemiologia da doença no país. Nos anos de 1994 e 1995, o Centro de Bacteriologia, como Laboratório de Referência Estadual, foi responsável pelo diagnóstico de casos esporádicos de cólera no estado de São Paulo.

Atualmente, pesquisadores do Centro de Bacteriologia coordenam redes de monitoramento de doenças bacterianas de veiculação respiratória (tuberculose, pneumonias, difteria, meningites e coqueluche), veiculação hídrico-alimentar (diarreias bacterianas, leptospirose), e infecções relacionadas à assistência à saúde (infecções hospitalares), em consonância às demandas levantadas pelo Sistema de Vigilância Epidemiológica Estadual. Por meio de ações desenvolvidas entre os Laboratórios Central e Regionais, a formação de redes garante o monitoramento dos diversos agravos bacterianos com importância em saúde pública.

O Centro de Bacteriologia atualmente conta com uma equipe altamente especializada, que executa exames diagnósticos de diferentes graus de complexidade e é laboratório de referência para diversos agravos bacterianos.