O avanço das tecnologias de análise e processamento de DNA e RNA com uso de sequenciadores de nova geração permitiu que o sequenciamento do genoma completo (WGS) de agentes infecciosos se tornasse acessível e com custos cada vez menores. O WGS fornece novas oportunidades para investigar a evolução de patógenos, mesmo em curtos períodos de tempo, pois permite resolução sem precedentes na discriminação de variantes altamente relacionadas, levando a caracterização de diferenças e similaridades entre isolados a um patamar nunca antes obtido. Em comparação com outros métodos de tipagem genética, o WGS oferece resolução definitiva para investigações na vigilância de surtos e epidemias, atribuição de fontes, estudos genômicos e informações genéticas para a previsão de fenótipos (sorotipagem, resistência antimicrobiana, formação de biofilme, transmissibilidade, patogenicidade e virulência).

 

A Vigilância Genômica dos vírus causadores da gripe, da COVID-19, da dengue e da febre Chikungunya, assim como de agentes bacterianos como N. meningitidis, Salmonella Typhi e Vibrio cholerae, tem sido utilizada pelo Laboratório Estratégico do Instituto Adolfo Lutz (LEIAL) para determinar a origem dos patógenos e suas relações e o esclarecimento dos surtos e epidemias, principalmente na tentativa de estabelecer uma correlação entre a virulência e o impacto desses agentes na população. A vigilância genômica de S. Typhi e V. cholerae, por exemplo, é realizada atualmente em tempo real, com a realização do sequenciamento dos genomas completos, para identificar, precocemente, a introdução de novos clones em nossa região.

 

O LEIAL foi criado em 2017, centralizando as atividades de sequenciamento na instituição, e sua função primordial é dar respostas rápidas a ameaças em saúde pública, uma vez que tem, dentre suas atribuções além do sequenciamento, desenvolver, implantar e aprimorar métodos laboratoriais de alta complexidade para agilização da resposta oportuna a doenças infecciosas de interesse à saúde pública em nível molecular. Com relação à COVID-19, o LEIAL obteve o genoma completo do vírus do primeiro caso do país, e ao longo da pandemia realizou milhares de sequenciamentos, que embasaram diversos alertas e relatórios, que podem ser observados aqui.

 

Um laboratório que realiza o sequenciamento do genoma de agentes infecciosos para fins de vigilância em saúde deve, diferentemente de um laboratório de pesquisa, estar preparado para o processamento de amostras dos mais diversos agravos. Neste sentido, o Laboratório Estratégico do IAL é único no país que possui experiência no sequenciamento dos mais diversos grupos biológicos, como pode ser observado na nuvem de palavras acima, que representa a variedade proporcional dos agentes sequenciados pela área, excluindo-se o SARS-CoV-2, que conta com mais de 4.500 genomas obtidos até o momento.