O LEIAL, até o momento, foi capaz de responder às demandas feitas ao Instituto Adolfo Lutz que envolveram técnicas de biologia molecular avançadas, e trabalhou com informações provenientes das diversas instituições que compõem a Coordenadoria de Controle de Doenças, como o Centro de Vigilância Epidemiológica, o Centro de Vigilância Sanitária, o Centro de Referência e Treinamento DST/AIDS e o Instituto Pasteur, colaborando com o monitoramento de agravos emergentes em saúde pública. O exemplo mais recente foi o enfrentamento da emergência da MPOX, cujos primeiros resultados na detecção do vírus, assim como a padronização e o depósito do primeiro sequenciamento foram realizados pelo laboratório.

 

O avanço das tecnologias de análise e processamento de DNA e RNA com o uso dos sequenciadores de nova geração permitiu que o sequenciamento do genoma completo (WGS) de agentes infecciosos se tornasse acessível e com custos cada vez menores. O WGS fornece novas oportunidades para investigar a evolução de patógenos, mesmo em curtos períodos de tempo, pois permite resolução sem precedentes na discriminação de variantes altamente relacionadas, levando a caracterização de diferenças e similaridades entre isolados a um patamar nunca antes obtido. Em comparação com outros métodos de tipagem genética, o WGS oferece resolução definitiva para investigações na vigilância de surtos e epidemias, atribuição de fontes, estudos genômicos e informações genéticas para a previsão de fenótipos (sorotipagem, resistência antimicrobiana, formação de biofilme, transmissibilidade, patogenicidade e virulência).

 

 

A Vigilância Genômica dos vírus causadores da gripe, da COVID-19, da dengue e da febre Chikungunya, assim como de agentes bacterianos como N. meningitidis, Salmonella Typhi e Vibrio cholerae, tem sido utilizada pelo Laboratório Estratégico para determinar a origem dos patógenos e suas relações e o esclarecimento dos surtos e epidemias, principalmente na tentativa de estabelecer uma correlação entre a virulência e o impacto desses agentes na população. Como exemplo, a vigilância genômica de S. Typhi e V. cholerae é realizada atualmente em tempo real, com a realização do sequenciamento dos genomas completos, para identificar, precocemente, a introdução de novos clones em nossa região. No gráfico abaixo são apresentados os agentes que tiveram genoma completo sequenciado pelo laboratório estratégico, excluindo-se o SARS-CoV-2, com mais de 4.000 sequências obtidas.

 

 

Apesar de muitos avanços, ainda é necessário caminhar para obtenção de maior celeridade e eficácia na produção das informações, que podem permitir o aprimoramento do diagnóstico laboratorial de doenças de interesse epidemiológico, sanitário e ambiental.

 

Responsável: Claudio Tavares Sacchi 

Telefone: (11) 3068-2985

E-mail: labestrategico@ial.sp.gov.br

 

Produção Científica

 

Camargo CH, Yamada AY, Souza ARd, Sacchi, CT et al. Genomic characterization of New Delhi metallo-beta-lactamase–producing species of Morganellaceae, Yersiniaceae, and Enterobacteriaceae (other than Klebsiella) from Brazil over 2013–2022. Microbiol Immunol. 2024; 68: 1–5. https://doi.org/10.1111/1348-0421.13100

 

Ramos JN; Araújo MRB; Sant’Anna LO; Bokermann S; Camargo CH; Prates FD; Sacchi CT; et al. Molecular characterization and whole-genome sequencing of Corynebacterium diphtheriae causing skin lesion. Eur J Clin Microbiol Infect Dis (2023). https://doi.org/10.1007/s10096-023-04706-6

 

Gräf T; Ferreira, CDN; de Lima GR; de Lima RE; Machado LC; Campos TL; Schemberger MO; Faoro H; Paiva MHS; Bezerra MF; Nascimento V; Souza V; Nascimento F; Mejía M; Silva D; de Oliveira YS; Gonçalves L; Ramos TCA; de Castro DB; Arcanjo AR; Dantas HAP; Presibella MM; Fernandes SB; Gregianini TS; Paz E Silva KM; Sacchi CT et al. Multiple introductions and country-wide spread of DENV-2 genotype II (Cosmopolitan) in Brazil. Virus Evol (2023). https://doi.org/10.1093/ve/vead059

 

Camargo CH, Yamada AY, de Souza AR, Cunha MPV, Ferraro PSP, Sacchi, CT, dos Santos MB, Campos KR, Tiba-Casas MR, Freire MP, Barretti P. Genomic analysis and antimicrobial activity of β-lactam/β-lactamase inhibitors and other agents against KPC-producing Klebsiella pneumoniae clinical isolates from Brazilian hospitals. Sci Rep 13, 14603 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-41903-x 

 

de Souza LM, de Oliveira ID, Sales FCS, da Costa AC, Campos KR, Abbud A, Guerra JM, Borges CSC, Takahashi CPFJ, de Araujo, LJT. Technical comparison of MinIon and Illumina technologies for genotyping Chikungunya virus in clinical samples. J Genet Eng Biotechnol 21, 88 (2023). https://doi.org/10.1186/s43141-023-00536-3

 

Araújo, MRB, Ramos, JN, de Oliveira Sant’Anna, L, Bokermann S, Santos MBN, Mattos-Guaraldi AL, Azevedo V, Prates FD, Rodrigues DLN, F Aburjaile FF, Sacchi CT, Campos KR et al. Phenotypic and molecular characterization and complete genome sequence of a Corynebacterium diphtheriae strain isolated from cutaneous infection in an immunized individual. Braz J Microbiol (2023). https://doi.org/10.1007/s42770-023-01086-z

 

Camargo CH, Yamada AY, Souza ARd, Lima MdJdC, Cunha MPV, Ferraro PSP, Sacchi CT, Santos MBNd, Campos KR, Tiba-Casas MR, et al. Genomics and Antimicrobial Susceptibility of Clinical Pseudomonas aeruginosa Isolates from Hospitals in Brazil. Pathogens. 2023; 12(7):918. https://doi.org/10.3390/pathogens12070918

 

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Cassiolato, AP; Camargo, CH; Piccoli Cecconi, MC; Christakis, S; Gonçalves, CR; Rodrigues Campos, K; Takenori Higa, F; Andrade Pereira, G; De Moraes, C; Silva de Lemos, AP. Genomic characterization of invasive meningococcal X isolates from Brazil, 1992–2022. Int Microbiol (2023). https://doi.org/10.1007/s10123-023-00325-5

 

Caterino-de-Araujo, A., Campos, KR, Cabral-de-Oliveira, EC, Rodrigues, AKS, Silva, RX, Azevedo, BV, & Marcusso, RMN. CCR5-¿32, CCR2-64I, SDF1-3’A, and IFNλ4 rs12979860 and rs8099917 gene polymorphisms in individuals with HIV-1, HIV/HTLV-1, and HIV/HTLV-2 in São Paulo, Brazil. Microbes, Infection and Chemotherapy, 3, e1855, 2023 https://doi.org/10.54034/mic.e1855

 

Kindermann, E. H. S. ; campos, KR ; Caterino-de-Araujo, A . Performance of the tetra-primer PCR technique compared to PCR-RFLP in the search for rs12979860 (C/T) and rs8099917 (T/G) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IFNL4 gene. REVISTA - INSTITUTO ADOLFO LUTZ, v. 82, p. 1-12, 2023. https://doi.org/10.53393/rial.2023.v82.39195

 

De Paula, R. A. C. ; Campos, K. R. ; Sacchi, C. T. ; amarante, A. F. ; Taniwaki, N. N. ; Nishina, G. M. N. ; De Oliveira, S. M. P. ; D´Agostini, T. L. ; Prado, W. D. A. ; Froes, M. H. ; Veiga, D. P. B. ; Katz, G. ; Santana, L. M. R. ; Fargetti, S. ; Figueiredo, E. ; Bugno, A. ; ABBUD, A. Informe epidemiológico: primeiros casos confirmados de monkeypox. BEPA. Boletim Epidemiológico Paulista, v. 19, p. 1, 2022. https://periodicos.saude.sp.gov.br/BEPA182/article/view/37805/35777

 

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Resende PC, Naveca FG, Lins RD, Dezordi FZ, Ferraz MVF, Moreira EG, Coêlho DF, Motta FC, Paixão ACD, Appolinario L, Lopes RS, Mendonça ACDF, da Rocha ASB, Nascimento V, Souza V, Silva G, Nascimento F, Neto LGL, da Silva FV, Riediger I, Debur MDC, Leite AB, Mattos T, da Costa CF, Pereira FM, Dos Santos CA, Rovaris DB, Fernandes SB, Abbud A, Sacchi C, Khouri R, Bernardes AFL, Delatorre E, Gräf T, Siqueira MM, Bello G, Wallau GL. The ongoing evolution of variants of concern and interest of SARS-CoV-2 in Brazil revealed by convergent indels in the amino (N)-terminal domain of the spike protein. Virus Evol. 2021 Aug 14;7(2):veab069. doi: https://doi.org/10.1093/ve/veab069.

 

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Zanella RC, Brandileone MCC, Almeida SCG, de Lemos APS, Sacchi CT, Gonçalves CR, Gonçalves MG, Fukasawa LO, Saraiva MD, Rangel LF, Cunha JLL, Rotta TCA, Douradinho C, Jacob-Filho W, Minamisava R, Andrade AL. Nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Staphylococcus aureus in a Brazilian elderly cohort. PLoS One. 2019 Aug 22;14(8):e0221525. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0221525.

 

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